Первоначально флаг был утверждён 31 марта 1999 года как флаг муниципального образования город Углич и Угличский муниципальный округ.
В ходе проведения муниципальной реформы, муниципальное образование (МО) город Углич и Угличский муниципальный округ было преобразовано в МО Угличский муниципальный район с входящим в его состав, среди прочих, МО городское поселение Углич.
30 марта 2007 года, решением муниципального Совета городского поселения Углич № 98, этот флаг был утверждён в качестве официального символа городского поселения Углич.
Так как решение № 72 от 31 марта 1999 года не было признано утратившим силу, флаг является одновременно флагом Угличского муниципального района.